Helsebyggs oppdragsgivere er St. Olavs Hospital og NTNUs medisinske fakultet , med eierskap/finansiering fra Helse- og omsorgsdepartementet og Undervisnings- og forskningsdepartementet.
Oppdragsgiverne møtes i Felles utviklingsenhet (FUE), som har ansvaret for å utarbeide program for det nye sykehuset. I FUEs sekretariat sitter representanter for St. Olavs Hospital, Det medisinske fakultet og Helsebygg. Sekretariatsleder er Helsebyggs medisinske sjef.
Øverste beslutningsorgan i FUE er styringsgruppen med sykehusets adm. direktør som leder. Her sitter også fakultetetes dekan og Helsebyggs adm. direktør, den siste som observatør.
Ansvaret er altså delt mellom FUE og Helsebygg Midt-Norge. I praksis arbeider personer fra flere miljøer i grupper der sykehusbygging og framtidig drift koples tett sammen
